1、名称不同：黄花鱼学名大黄鱼，属于名贵鱼种，是我国主要海产经济鱼类之一，无刺。黄骨鱼是指黄颡鱼，这种鱼是淡水鱼，身体两侧和脊背上各有一根大尖刺。
2、肉质不同：黄花鱼是海鱼，身上无鳞，蒜瓣肉。黄骨鱼长得像鲶鱼，比鲶鱼小，肉质细嫩。
3、外观不同：黄花鱼鱼体呈长椭圆形，侧扁，背侧中央枕骨刺不明显，尾柄较细长，体黄褐色，腹面金黄色，鱼鳍黄色或灰黄色，唇桔红色，背鳍和臀鳍的鳍条基部三分之二以上披小圆鳞。黄骨鱼腹面平，体后半部稍侧扁，头大且扁平。吻圆钝，口裂大，下位，上颌稍长于下颌，上下颌均具绒毛状细齿。体背部黑褐色，体侧黄色，并有3块断续的黑色条纹，腹部淡黄色，各鳍灰黑色。进食较凶猛。公母颜色有很大差异，深黄色的黄颡鱼头上刺有微毒。